Trotz Verbannung in das Schattenreich lebte Ganon in den dunklen Seelen der Menschen weiter. Der Bruder der Prinzessin Zelda wurde einst so böse, dass Ganon durch ihn hindurch Zelda mit einem Fluch belegen konnte. Sie schläft seid dem einen endlosen Schlaf und kann nur von demjenigen erlöst werden, der die Paläste in Hyrule von ihren Bannen befreit in dem er alle ihre Kristalle zurück bringt. An seinem 16ten Geburtstag erfährt Link, dass er dieser Jemand ist und wird von Impa eingeweiht wie er die Prinzessin erlösen kann. In der Zwischenzeit finden Ganons dunkle Krieger heraus, dass durch Links Blut auf Ganons Asche, Ganon wiederbelebt werden kann. Also machen sie sich ebenfalls auf den Weg. Allerdings nur mit der Absicht Link zu töten... Link begibt sich also auf diese erschwerlichte Reise. Er muss alle Paläste befreien und gleichzeitig verhindern dass sein Blut auf Ganons Asche fällt!!!